O CENDHEC é uma associação, ou seja, é uma organização formada por pessoas que se juntaram para defender a bandeira dos Direitos Humanos. Os órgãos de gestão do CENDHEC são: Assembleia Geral, Conselho Diretor, Coordenação Executiva e Conselho Fiscal.

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A Assembleia Geral dos Associados/as se reune uma vez a cada 12 meses, é a instância máxima de decisão do CENDHEC e a responsável pela escolha do Conselho Diretor da instituição. A assembleia é formada não só por seus associados fundadores, que atuaram com Dom Helder, como por novos(as) integrantes que compartilham do mesmo compromisso com a defesa dos Direitos Humanos.

O Conselho Diretor é composto por 07 associado/as eitos pela Assembleia. Suas funções principais são estabelecer diretrizes para o CENDHEC, aprovar o planejamento das atividades, fazer cumprir o Estatuto, acompanhar e avaliar as ações, dentre outras. O Conselho se reúne, duas vezes por ano.